Fen Bilimleri Enstitüsü hedefini; sürekli ilerleme ve gelişmeyi amaçlayarak nitelik ve nicelik olarak bulunduğu yerden daha ileri seviyelere ulaşmak, çağdaş bilimin öncü kuruluşlarından biri olmak ve ulusal ve uluslararası bilime katkı yapmak olarak belirlemiştir.